Windowsには昔からマルチモニター環境において、ディスプレイごとにリフレッシュレートが変わって設定され、かつ普通には変更できないためカクツキ(スタッター)やチラツキが発生してしまうことがありました。
ちなみに筆者環境でも同じ問題で悩まされており、特にエクスプローラーの背景などがチラツキによりダークモードなどが反映されない問題が発生しておりました。
で、この問題どうやら先日リリースされたWindows10 2004(20H1)で解消したようです。
言及されてた記事

過去の皆さんの叫び


何が要因?
どうやらこれはWindows 10 2004の改善点の一つであるWindows Display Driver Model(WDDM)2.7の更新に関連しているそうで、私は特に影響しないのですがよくゲームをする方でマルチモニター環境の方については非常に大きな恩恵を受けるのではないでしょうか?
ちなみに現時点では、Windows 10 2004でWDDM 2.7を使用するには、NVIDIAドライバー450.12以降とIntelドライバー27.20.100.7859以降が必要らしいですが、AMDは、WDDM 2.7互換のドライバーをまだ提供していないそうです。
Improvements in DWM in Windows 10 2004 are tied to the updates in the Windows Display Driver Model (WDDM) 2.7, which adds support for hardware-accelerated GPU scheduling. This allows video cards to manage their video memory to significantly reduce latency and improve minimum and average FPS regardless of the API used.
At the moment, using WDDM 2.7 in Windows 10 2004 requires NVIDIA drivers 450.12 and above and Intel driver 27.20.100.7859 and above. AMD is yet to make WDDM 2.7-compatible drivers available.
https://www.notebookcheck.net/Windows-10-2004-20H1-finally-gets-multi-monitor-refresh-rates-right.454143.0.html
筆者の環境でもマルチモニター環境のメイン環境をWindows 10 2004にアップデートしてみたところこの問題は確かに解消していました。長い間悩まされていた問題なので本当に対応していただいてありがたいです。