マニュアルにも書いてあることですが、自分は見落とすという失態を犯したのでここに書いておく。
AX2400Sシリーズの1から4番ポートは、デフォルトだと1000BASE-Xの方が有効になっている。
自分は普通にTX側のポートにEthernetケーブルを繋いで、Linkupしないなぁとか思っていたが、明示的に下記のように設定しておく必要がある。
(config)# interface range gigabitethernet 0/1-4
(config-if-range)# shutdown
(config-if-range)# media-type rj45
(config-if-range)# no shutdown
1000BASE-X側のポートを有効にするには、上記の設定内容を削除するだけ、のようだ。